Debut Profesional
El 9 de Septiembre del 2006 se quedará por siempre en la memoria del Chicharito. José Manuel de la Torre lo debutó en el futbol mexicano. El seleccionado nacional juega los últimos minutos ante Necaxa en el cual para su fortuna, también se presenta con una anotación. Qué mejor manera de debutar que marcando.
Paso al Manchester United
Su entonces club, el Deportivo Guadalajara anuncia con bombo y platillo la incorporación de Javier al club inglés Manchester United. El delantero se integraría a su nuevo conjunto terminando su participación con la Selección en el Mundial de Sudáfrica.
Final de la Champions
Ni el propio Hernández se imaginó que en su temporada de debut llegaría a la Final del torneo más importante a nivel de clubes del mundo: la Champions League. Lamentablemente la suerte no estuvo de su lado, ya que al final, el Futbol Club Barcelona se impuso 3-1 a l Manchester United. Con su presencia en el duelo cumbre, se convirtió en el segundo mexicano en disputar el encuentro por el título.
Único Hat-Trick
El 5 de Junio del 2011 realizó su único hat-trick de su carrera. El rival que recibió tremenda dosis fue la Selección del Salvador en partido correspondiente a la Copa de Oro. El último de estos de gran manufactura, ya que con un tiro a lo «Panenka» venció al guardameta salvadoreño.